مقایسۀ مولکولی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژن های عامل تشکیل بیوفیلم کاندیدیایی

مطالعات نشان داده است که بروز عفونت با گونه های کاندیدیایی، ارتباط زیادی با توانایی تشکیل بیوفیلم توسط این گونه ها دارد. هدف از این مطالعه مقایسۀ مولکولی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژن های عامل تشکیل بیوفیلم کاندیدیایی می باشد. در این مطالعه 7 جدایه به دست آمده از زنان مبتلا به عفونت واژینال از مراکز مختلف پزشکی تهران که در سال های 1390 و 1391 جدا و شناسایی شده بود، انتخاب گردید. استخراج DNA به روش فنل - کلروفرم - ایزوآمیل الکل صورت گرفت. سپس Multiplex PCR با پرایمرهای اختصاصی انجام شد. نتایج بررسی حضور دو ژن1 agglutinin like sequence (als1) و hyphal wall protein1 (hwp1) را به ترتیب با فراوانی 57% و 28% در جدایه های مورد مطالعه نشان داد. 50% از ایزوله های واجد ژن als1 دارای ژن hwp1 بودند. حضور دو ژن als1 و hwp1، از عوامل مهم در ایجاد عفونت واژینال، می تواند باشد. بیوانفورماتیک علمی است که در توسعه روش های ذخیره سازی، بازیابی، سازماندهی و تجزیه و تحلیل داده های بیولوژیکی فعالیت می کند. از اهداف اصلی این علم توسعه نرم افزارها در گسترش یافته های بیولوژیکی است. در این مطالعه با کمک چندین نرم افزار و سرور بیوانفورماتیکی، به تجزیه و تحلیل توالی های پروتئین ALS (ALS1-ALS7, ALS9, ALS10) و توالی پروتئین HWP1 پرداخته شده است. برخی مطالعات صورت گرفته شامل تعیین ساختار دوم، محتوای آمینو اسیدی، شناسایی سرین و ترئونین های فسفریله شده، مدل سازی ناحیه حفاظت شده دمین اتصال در بخش N-ترمینال پروتئین های ALS و رسم درخت فیلوژنی ژن های als موجود در گونه های کاندیدیایی می باشد.