مقایسه شش روش استخراج DNA از گیاه دارویی سدر کنار (Ziziphus spina-christi)

استخراج DNA ژنومی باکمیت وکیفیت مناسب در آزمایشگاه هاي ژنومیکس ضروري می باشد . استخراج DNA از بافت گیاهان چوبی مثل درخت دارویی سدر (کنار) افزون بر وجود کربو هیدرات ها با مشکل مواد پلی فنلی نیز روبرو است که برکیفیت DNA اثر منفی می گذارد. بنابراین روش هاي استخراج که این مواد را به حداقل برساند بسیار مطلوب هستند. انواع بومی متنوعی از درخت سدر(Ziziphus spina-christi)در ایران وجود دارد و تعدادي هم از خارج وارد شده است و باید میزان تنوع و قرابت ژنتیکی در آنها مورد بررسی قرار گیرد. لذا استخراج DNAژنومی باکمیت وکیفیت مناسب لازم است. گیاه سدر که داراي مواد پلی فنلی است، باتوجه به کیفیت وکمیت DNA استخراج شده در این آزمایش شش روش DNA شامل: 1- ورابی وهمکاران، 2- دلاپورتا وهمکاران، 3- زیگن هاگن و همکاران، 4-دویل ودویل، 5- لودهی وهمکاران، 6- موري تامپسون براي گزینش بهترین روش استخراج DNA مورد بررسی و ارزیابی قرارگرفتند. کمیت و کیفیت DNA استخراج شده، از برگ هاي جوان وبالغ با روش اسپکتروفتومتري، نانو دراپ، الکتروفورز در ژل آگارز،برش با آنزیم هاي برشگر وبا انجام واکنش زنجیرهاي پلیمراز(PCR) مورد مقایسه قرار گرفتند. با توجه به کمیت وکیفیت DNA ژنومی استخراج شده روش ورابی و همکاران براي بر گهاي جوان و بالغ و بعد به ترتیب روش زیگن هاگن و همکاران و روش موري تامپسون برگزیده شدند. بیشترین مقدار DNA با کیفیت خوب از بافت برگی با روش ورابی و همکاران بدست آمده که با مقدار DNAبدست آمده از بافت برگی با روش هاي زیگن هاگن و همکاران و روش موري تامپسون تفاوت معنی داري داشت. با توجه به نتایج، روش ورابی و همکاران براي استخراج DNA از بافت هاي مختلف گیاهان مشابهی که مواد پلی فنلی و پلی ساکاریدي بالایی دارند، قابل توصیه است. در روش اسپکتروفتومتري و نانو دراپ، میزان جذب برابر با طول موج 260 نانومتر برحسب میکروگرم درمیکرولیتر DNA دو رشته اي بدست آمد که روش نانو دراپ دقیق تر از روش اسپکتروفتومتري است و میزان جذب برابر با یک در طول موج 260 نانومتر برحسب نانوگرم در میکرولیتر DNA دو رشته اي گزارش می کند. با مقایسه ضخامت باند هاي DNA بدست آمده از نمونه ها با باندهاي DNA استاندارد، غلظت نمونه ها تخمین زده شد. DNA استخراج شده ازروش ورابی و همکاران بیشترین ضخامت نوار وکیفیت را نشان می دهد.

استخراج DNA ،PCR ، برگ سدر (کنار)، آنزیم هاي برشگر ، مواد پلی فنلی.