یکی از روش های مهم تصفیه ای در سال اخیر در کشورهای پیشرفته و همچنین کشورهای در حال توسعه است. استفاده از لاگون یا استخرهای تثبیت در تصفیه فاضلاب است. لاگون به عنوان روش تصفیه فاضلاب می تواند 99/9% عوامل بیماری زا و بیش از 90 تا 95 درصد آلودگی ها را از فاضلاب حذف کند. در تصفیه فاضلاب بوسیله لاگون همانند تمام تصفیه بیولوژیکی فاضلاب اکسیژن و فعالیت عوامل بیولوژیکی نقش مهمی به عهده دارند. لاگوناختیاری در تصفیه فاضلاب بیش از سایر انواع لاگون بکاربرده می شود و به دو روش بی هوازی و هوازی می تواند مورد استفاده قرار بگیرد. در مدل لاگون اختیاری در لایه هوازی به علت اکسیژن حاصل از فتوسنتز مواد کلوئیدی ومواد معلق آلی اکسید شده و موادی چون گاز کربنیک، نیترات، نیتریت، سولفات و فسفات بوجود خواهد آمد. در لایه زیرین به علت شرایط بی هوازی اکسیژن موجود در سولفات و نیترات به کاررفته و ممکن است گاز متان، هیدروژن، سولفور و غیره تولید شود.
